MISIÓN
La misión del CEPEP, aprobada en la Asamblea General de 1997, es:
"Brindar información, educación y servicios integrales de salud reproductiva a la población paraguaya, con el fin de mejorar sus condiciones de vida. Asimismo, realizar investigación y capacitación en temas de población y de salud de la mujer y de la familia."
ORGANIZACIÓN
El CEPEP es una organización de voluntarios, los que en la Asamblea General eligen democráticamente entre sus pares a siete miembros titulares y a tres miembros suplentes para integrar el Consejo Directivo por dos años. Este Consejo Directivo es la autoridad máxima del CEPEP, establece las políticas institucionales, controla y dirige la institución, rinde cuenta de su actuación a la Asamblea General en forma anual. El Director Ejecutivo, y los demás funcionarios de la oficina y las clínicas son personal contratado por el CEPEP, para cumplir tareas específicas
El Consejo Directivo constituye el gobierno del CEPEP. Esta integrado por voluntarios electos en Asamblea General, cada dos años. No perciben honorarios ni ningún tipo de estipendio por su trabajo.
El funcionamiento operativo del CEPEP está a cargo del personal contratado para tal efecto. No son voluntarios. La gerencia general del CEPEP esta a cargo de la Dirección Ejecutiva, actualmente desempeñada por la Dra. Cynthia Prieto. De la Dirección Ejecutiva depende directamente del Consejo Directivo, y tiene a su cargo las siguientes gerencias: el Departamento de Investigación y Evaluación, el Departamento de Programas de Salud (de la cual dependen los servicios médicos), el Departamento de Sistemas Informáticos, el Departamento de Administración y Finanzas, la Oficina de Recursos Humanos, la Oficina de Comunicación y Desarrollo de Recursos, el Asesor Jurídico y la Secretaría General.
MIEMBROS VOLUNTARIOS
Los miembros voluntarios son personas mayores de edad, de conocida moral y capacidad, que colaboran en forma espontánea y voluntaria en tareas referentes a los fines del CEPEP. No perciben honorarios por su trabajo ni por la asistencia a reuniones del Consejo o Comités. Se reúnen anualmente en la Asamblea General.