La Clínica de la Familia de Encarnación funcionaba hasta el año 2004 en local alquilado, pero a fines de ese año el CEPEP adquirió el mismo inmueble y ha empezado a realizar mejoras en su infraestructura física para adaptarla a las necesidades actuales.
A esta clínica acuden usuarias/os tanto de la cuidad en la cual está ubicada como de otras localidades, debido a la atención integral y de calidad y a los costos accesibles.

Esta clínica al igual que las otras tres tiene una orientación hacia la sustentabilidad, por lo que ha incorporado también los servicios diversificados con un sistema de médicos autofinanciados y algunos servicios tercerizados. A partir del año 2003 también ha habilitado un espacio exclusivo para adolescentes, en el marco del proyecto Espacio Joven con atención diferenciada a los mismos.

Desde el año 2005 ha implementado la actividad de detección y referencia de casos de Violencia Basada en Género (VBG) en todas las usuarias nuevas y las de seguimiento, así también la provisión de anticonceptivos de emergencia.